L'etimologia del termine autoctono deriva dal latino "autochthŏnes", e questo a sua volta deriva dal greco "αὐτόχθων", il cui significato è proprio della terra o generato da se stesso dalla terra. L'origine della parola autoctona deriva dalla mitologia greca, all'interno di questi miti gli autoctoni erano uomini che sorsero dalla terra, come germogli o piante, per questo motivo non erano considerati figli della Divinità Gea (nota Dea che eguaglia la Madre Terra), non avevano nemmeno un genitore, ecco perché è stato paragonato a un cespuglio, per essere semplicemente nato dalla terra .
Successivamente, il termine è stato adottato per riferirsi a tutto ciò che proviene dal luogo in cui si trova ogni cosa, ovvero, si riferisce a qualcosa di nativo di un'area, questo termine è usato per riferirsi a cose, persone, tradizioni, prodotti, tra gli altri. Ad esempio, quando si parla di indigeni o di aborigeni, sono conosciuti come soggetti indigeni del luogo in cui risiedono ed è perché sono rimasti tradizionalmente nello stesso posto dall'origine della loro formazione come tribù o comunità. Ad esempio, il Tango è una manifestazione culturale indigena dell'Argentina o l'orso polare è una specie endemica del Polo Artico, cioè può nascere e svilupparsi solo in queste condizioni a causa delle sue caratteristiche di pelle, pelliccia e temperatura alle quali può sopravvivere .
Un campo in cui questo termine è ampiamente usato è quando si parla di prodotti artigianali, culturali e folk, sia nel campo della gastronomia, della musica, delle arti plastiche e delle diverse espressioni artistiche .
