Los organismos anaeróbicos son totalmente opuestos a los organismos aeróbicos, ellos no utilizan el oxígeno diatómico para su crecimiento, metabolismo y diferenciación, estos trabajan con compuesto diferentes, dando a lugar una subclasificación si dichos microorganismos trabajan con un compuesto química llamado piruvato se dice que su metabolismo es de tipo fermentativo (utilizan la fermentación) en cambio sí es otra sustancia diferente al piruvato si dice que es un organismo practicador de la respiración anaerobia.
La fermentación consiste en la obtención de energía química a partir de un proceso catabólico y de oxidación sin terminar o incompleta de un compuesto orgánico, está de acuerdo a su producto final puede clasificarse en fermentación alcohólica ya que genera etanol, fermentación láctica produce ácido láctico, fermentación butírica, entre otras; por su parte las respiraciones anaeróbicas consisten en una cadena de transporte para electrones usualmente parecida a la de respiración aeróbica pero en lugar del aceptor final sea el oxígeno, en este caso sería cualquier compuesto de naturaleza inorgánica.
Así como existen bacterias aerobias también se encuentran en existencia bacterias anaeróbicas las cuales pueden vivir sin él oxígeno, algunas de ellas se encuentran dentro del organismo humano en lugares donde no hay presencia de oxigeno como por ejemplo en el intestino grueso donde funcionan como putrefactivas de la materia fecal, de acuerdo a su resistencia al oxigeno pueden clasificarse en: bacterias anaerobias obligadas estas no pueden crecer en áreas donde haya presencia de oxigeno ya que le mismo es dañino y puede causar su aniquilación, bacterias aerotolerantes jamás utilizaran al oxígeno para sus procesos metabólicos pero puede vivir en ambientes oxigenados, anaerobias facultativas pueden utilizar el oxígeno como aceptor final de electrones pero si están en ambientes donde no haya oxigeno utilizan la vía fermentativa.
